Modelado de proteínas en 3 dimensiones (II). Colorear una proteína.

Continuando con la guía de modelado de proteínas, en esta entrada aprenderemos a colorear los residuos de una proteína.

Si volvemos a la entrada del Protein Data Bank de la PKA de ratón, en el apartado de descripción molecular, podemos clickar para abrir la entrada de UniProt de esta proteína.

 En la entrada de UniProt, se nos ofrece una amplia descripción de la actividad de los dominios, regiones y residuos de nuestra proteína de interés:

• El residuo 73 tiene la capacidad de unirse a ATP.

• El sitio activo es el residuo 167.

• Las regiones entre los aminoácidos 50-58, 122-128 y 169-172 son capaces de unirse a nucleótidos fosfato, en este caso ATP.

• Los aminoácidos que conforman el dominio Kinasa van del 44 al 298.

• Finalmente, en el extremo C-terminal tenemos un dominio AGC-kinasa del aminoácido 299 al 351.

Con esta información colorearemos la proteína. Para ello volveremos a abrir el .pdb de la unidad catalítica de la PKA de ratón con macPyMol (Modelado de Proteínas I).

Dentro de la línea de comandos vamos a escribir lo siguiente:

hide everything

show cartoon

Con esto mostraremos solo el dibujo cartoon de la proteína.

bg_color white

color grey

Para cambiar el color de fondo por uno blanco y colorear la estructura de gris.

color blue, resi 44-298

color magenta, resi 299-351

Con lo que colorearemos ambos dominios.

color yellow, resi 73-73

color yellow, resi 50-58

color yellow, resi 122-128

color yellow, resi 169-172

Para colorear de amarillo los residuos y regiones que se unen a ATP.

color red, resi 167-167

Con este comando colorearemos de rojo el sitio activo.

Finalmente, vamos a crear un archivo de imagen con la PKA coloreada. Para ello usaremos el comando ray que procesará la imagen para añadir las sombras y quitar el pixelado.

ray

Con lo que lo último que tenemos que hacer es guardar la imagen en formato PNG navegando en el menu Archivo del programa.

El resultado:

Como podemos observar, el sitio activo (rojo) se localiza en una hendidura de la proteína. Cercanos a esta hendidura se ubican los residuos que se van a unir a ATP (amarillo). El dominio C-terminal (magenta) rodea al dominio kinasa (azul) por detrás.

Además, este archivo PDB no solo incluye a PKA, también está incluida la estructura de un péptido inhibidor de PKA, con una secuencia de 20 aminoácidos que se localizan en la hendidura del sitio activo para impedir la función kinasa de la proteína (gris).

En el próximo post aprenderemos a grabar un vídeo para presentar nuestra proteína coloreada.

Enlaces:

Entrada de la unidad catalítica de PKA de ratón en Protein Data Bank

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2CPK

PyMol

http://www.pymol.org/